Se esforzó sobre todo en cuatro temas:

1. Doctrina.
2. Reestructuración eclesiástica, con la fundación de seminarios.
3. Modificación de las órdenes religiosas, haciéndolas volver a sus orígenes espirituales.
4. Vigilancia de los movimientos espirituales, centrándolos en la vida piadosa y en una relación personal con Cristo. Esto incluía a los místicos españoles y a la escuela de espiritualidad francesa.

5. La permanencia de los Papas en Avignon (1309-1377), el cisma de Occidente, la división de opiniones por parte de países europeos en cuanto a la aceptación de Avignon o Roma como sede papal y el vano intento de reunir un concilio ecuménico para que solucionara problemas, tales como la indisciplina del alto clero o la simonía, provocó un movimiento religioso dentro de la Iglesia Católica que pedía la vuelta al cristianismo primitivo, con representantes como el predicador Girolamo Savonarola o el humanista Erasmo de Rotterdam.
   
   Pablo III nombró como cardenales a reformadores, como Gasparo Contarini y Reginald Pole, y aprobó nuevas órdenes religiosas, como los jesuitas, capuchinos o las ursulinas, acabando con la convocatoria a concilio.
   

   La Contrarreforma, para algunos, no difería en forma sustancial de aquello que buscaba la Reforma protestante a la hora de renovar la Iglesia. Sin embargo, en cuestiones teológicas era completamente opuesta. Los esfuerzos reformistas de Pablo IV se basaron en el autoritarismo, apoyado en el Derecho Canónico y las encíclicas papales. Dos de sus herramientas fueron la Inquisición, institución creada por el Papa Gregorio IX en el siglo XIII para investigar y juzgar a los acusados de herejía o brujería, y la censura, con la creación del índice de libros prohibidos.

   Entre otras medidas efectivas sobre liturgia, administración y enseñanza religiosa, se tomaron las siguientes:

   1. Nombrar cardenales y obispos de gran integridad moral, como San Carlos Borromeo, arzobispo de Milán.
   2. Crear seminarios en muchas de las diócesis, lo que garantizó la uniformidad teológica.
   3. Crear reuniones religiosas informales, que se convirtieron posteriormente en los oratorios.
   4. Redactar un nuevo catecismo.

   El Concilio de Trento no aprobó ninguna de las reformas de Lutero u otros protestantes, sobre todo la justificación por la fe, lo que acentuó la división del cristianismo, con diferentes reformistas coincidiendo en que el papado era perjudicial. Esta actuación del Papa reflejaba el paso hacia el absolutismo que caracterizó al siglo XVI.

   Por otra parte, el descubrimiento y colonización de América convirtió a muchos clérigos en misioneros, empeñados en la conversión de los nuevos pueblos conocidos y estableciendo escuelas confesionales.
   
   Al mismo tiempo que la agresividad y militancia del catolicismo era palpable, surgió una ola de misticismo que proponía la meditación y el rezo personal, como el del rosario. La fe católica tras la contrarreforma tuvo dos vertientes:

   1. La idea de un Dios temible que utilizaba el castigo, que fue impulsada por Pablo IV,
   2. La piedad popular y la experiencia religiosa individual, que dio figuras como San Juan de la Cruz o Teresa de Ávila.

   Pío V representó el esfuerzo de un sector eclesiástico para combatir el protestantismo impulsando la devoción popular y castigando la herejía. Era un dominico de fe sólida y férrea disciplina, que protegió a los pobres creando hospitales y escuelas y apoyando las misiones en el nuevo mundo, pero decidió aplicar la Inquisición para prevenir el aumento de herejes.

   Sixto V representó la etapa final de la reforma católica, convirtiendo Roma y el barroco en la representación visual del catolicismo.